Фамилия Сергуняевы образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой послужило церковное имя Сергий, а точнее — его просторечная, уменьшительно-ласкательная форма Сергуня. Так в народе называли Сергея, имя которого восходит к латинскому «сергиус» — «высокочтимый, высокий». Потомок человека, которого звали Сергуней, со временем получал прозвание Сергуняев, закрепившееся за его родом.

Интересна сама словообразовательная модель. Фамилия построена по классической схеме «имя + патронимический суффикс -ев». Этот суффикс присоединялся к основам на мягкий согласный, которым и заканчивается имя Сергуня. Такой тип фамилий был широко распространён в славянской среде, но форма с суффиксом -ун- в основе встречается реже, чем стандартные Сергеевы или Сергины. Обычно суффикс -ун- в древнерусских прозвищах указывал на деятеля или носителя яркого качества, но в данном случае он выполнял чисто ласкательную функцию, как в именах Ванюня или Костюня.

О точном месте и времени возникновения фамилии Сергуняев говорить сложно, поскольку процесс формирования русских фамилий был длительным и растянулся на несколько столетий. Однако можно предположить, что фамилия закрепилась в среде, где было принято использовать неофициальные, домашние формы имени. Это характерно для крестьянской и купеческой среды, где внутри семьи или общины человека звали Сергуней, а в документах писали по отцу — Сергуняев сын.

Фамилия Сергуняев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила живую народную форму имени, которая в официальных святцах не встречается, но бытовала в разговорной речи веками. Сегодня носители этой фамилии могут считать, что их предки были людьми уважаемыми и «высокочтимыми», ведь именно такое значение заложено в латинской основе имени Сергий.