Фамилия Серунина — женская форма, а её мужской вариант — Серунин. Редкий случай, когда фамилия сохраняет древнюю основу, почти не встречающуюся в современных русских говорах. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить суффикс -ин и посмотреть на корень «серун-».

В русских говорах слово «серун» означало не только «тот, кто серит» (в прямом, физиологическом смысле), но и — в переносном, бранном — «плохой, никчёмный человек». Однако ономасты (в частности, ссылаясь на словарь Б. Унбегауна и работы В. Никонова) отмечают, что такие «неблагозвучные» прозвища в старину давали не для оскорбления, а как оберег: считалось, что злые духи не тронут того, кого назвали «плохим» словом. Поэтому предок-Серун мог быть вполне уважаемым крестьянином, просто носившим охранительное прозвище.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: основа могла быть связана с диалектным глаголом «серунить» — «сердиться, ворчать». В этом случае прозвище Серун давали человеку с неуживчивым, брюзгливым характером. Третья версия — от имени Серун как производной формы от канонического имени Сергей (через уменьшительное Серуня), но такая модель образования для фамилий на -ин встречается реже, чем прозвищная.

Фамилия Серунин/Серунина — севернорусского или сибирского типа. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: «сын Серуна». В центральных и южных регионах России чаще встречаются фамилии на -ов/-ев от той же основы (Серунов), а форма на -ин закрепилась в тех областях, где был распространён родительный падеж притяжательности. По переписям XIX века носители фамилии фиксировались в Вологодской и Пермской губерниях, а также среди старообрядцев Забайкалья — возможно, прозвище попало туда с переселенцами.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: найти предков Серуниных проще, чем носителей распространённой фамилии, так как круг родственных связей узок и часто восходит к одному-двум поселениям.