Фамилия Сетов напрямую связана с народом сету (сето) — небольшой финно-угорской группой, живущей на границе Эстонии и Псковской области. Прозвище Сет, от которого пошла фамилия, скорее всего, указывало на этническую принадлежность предка. В основе лежит самоназвание этого народа, а фамильная модель с суффиксом -ов отвечает на вопрос «чей сын?» и означает «потомок Сета».

Сету — потомки древней чуди-эстов, и их отделение от эстонцев началось ещё в XIII веке. После завоевания Ливонии крестоносцами и падения русского Юрьева (Дерпта, нынешнего Тарту) часть сето бежала на восток, на псковские земли. Там они оказались в зоне влияния сразу двух сил: православного Псковского государства и католического Ливонского ордена. На протяжении Средних веков это финно-угорское население эпизодически обращалось в христианство, но основная масса долго сохраняла языческие верования. Представители народности по сей день живут в Печорском районе Псковской области и на юго-востоке Эстонии.

Интересно, что фамилия Сетов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не черта характера, а этноним. Такие фамилии встречаются нечасто и обычно возникали в местах плотного контакта разных народов, где происхождение человека имело практическое значение. Соседи могли звать человека «Сет» или «Сетов сын», чтобы отличить его от русскоязычного окружения. Со временем прозвище закрепилось за родом и превратилось в наследственную фамилию.

В написании фамилии возможна путаница: её часто путают с фамилией Седов (от имени Сидор или прилагательного «седой»), а также с более редкой Сетков. Но если Седов — фамилия распространённая и встречается по всей России, то Сетов имеет более локальный, северо-западный след, что лишний раз подтверждает её связь с псковско-эстонским пограничьем.