Фамилия Сетов образована от прозвища Сет, которое, скорее всего, получил представитель малочисленного финно-угорского народа сету (сето). Само прозвище и легло в основу фамилии по распространённой модели: к основе добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий принадлежность к роду отца. То есть Сетов — это буквально «сын Сета», потомок человека с таким прозвищем.

Сету — древний народ, потомки чуди-эстов, которые отделились от эстонцев ещё в XIII веке. История их обособления тесно связана с драматическими событиями средневековой Прибалтики. После завоевания Ливонии крестоносцами и падения русского Юрьева (Дерпта, нынешнего Тарту) часть сето бежала на восток, на псковские земли. Там, в зоне влияния православного Псковского государства с одной стороны и католического Ливонского ордена с другой, они оказались в изоляции. На протяжении Средних веков их эпизодически обращали в христианство, но основная масса долго сохраняла языческие верования.

Таким образом, фамилия Сетов — это редкий для русских фамилий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не черта характера, а этническая принадлежность предка. Она напрямую указывает на то, что родоначальник происходил из народа сету, чьи представители и сегодня живут на границе Эстонии и Псковской области. Такое прозвище могли дать переселенцу-сето, который обосновался в русскоязычной среде, или же его потомкам, чтобы подчеркнуть их корни.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, а письменные источники по таким «простым» прозвищам скудны. Однако сам факт её существования — любопытный памятник истории межэтнических контактов на северо-западе Руси, где веками уживались славянские и финно-угорские культуры.