Фамилия Сетюков образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от основы на согласный прибавили суффикс -ов. Это указывает на принадлежность к роду человека, которого звали Сетюк. Вопрос в том, что скрывается за этим прозвищем или именем.

Наиболее вероятная версия связывает основу с тюркским словом «сет» или «сетя» — так в некоторых тюркских языках называли сеть, невод или вообще любое плетёное изделие. В таком случае Сетюк — это прозвище рыбака, сетевязальщика или мастера, плевшего корзины. Учитывая, что в южных и восточных регионах России, особенно в Поволжье и Приуралье, русские фамилии нередко вбирали тюркские корни, эта версия выглядит убедительно.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — происхождение от уменьшительной формы крестильного имени. В святцах нет имени Сет, но в народной речи так могли сокращать редкое имя Сет (от библейского Сиф) или, что вероятнее, переделывать на русский лад иноязычные имена, звучавшие как «Сет» или «Сетей». Однако в этом случае суффикс -юк скорее отсылает к западнорусскому или украинскому влиянию, где -юк (как в Кузюк, Семенюк) — типичный уменьшительный или патронимический суффикс.

Любопытна и чисто бытовая версия. В некоторых говорах «сетюк» могли называть человека с «сетчатым» лицом — в рябую или мелкую морщину, или же того, кто постоянно носил с собой сетку, сумку. Такие прозвища по внешности или привычке давали часто, но доказательств этой версии меньше.

Географически фамилия Сетюков встречается не повсеместно. Известна она в основном в центральных и южных областях России, а также среди казачества. Скорее всего, предки носителя фамилии были людьми простого звания — крестьянами, рыбаками или ремесленниками, а сама фамилия закрепилась не позднее XVII–XVIII веков.