Фамилия Шалабонина — женская форма, а мужская, Шалабонин, образована от прозвища или нецерковного имени Шалабон. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «шалабон» означало «бестолковый, нерасторопный человек», иногда — «ротозей» или «пустомеля». Слово живёт до сих пор в диалектах: в архангельских говорах «шалабон» — ещё и «лодырь», а в вологодских — «шалун, проказник». Основа звукоподражательная, от «шала-бала» — пустая болтовня.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шалабонин — «сын Шалабона», то есть ребёнок или потомок человека с таким прозвищем. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -о: как Бородин от Борода, Шалабонин от Шалабон. Ударение, судя по распространённости фамилии, падает на третий слог: Шалабо́нин.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Кировской областях, а также в Зауралье. Это говорит о том, что прозвище бытовало в среде крестьян и посадских людей, а не в дворянской среде. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Шалабоновых, например, в переписных книгах Вятского края.

Спорных версий происхождения почти нет: слово «шалабон» не имеет тюркских или финно-угорских корней, которые иногда приписывают похожим фамилиям. Единственная альтернатива — связь с диалектным «шалабанить» (шататься без дела), но это лишь уточняет семантику. Так что предок носителя фамилии был человеком, которого окружающие за глаза называли Шалабоном — возможно, не за глупость, а за неспешность или склонность к праздным разговорам.