Фамилия Шалгынова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Шалгынов, образована от прозвища или имени Шалгын. Это довольно редкая фамилия, и её корни ведут в тюркоязычную среду, скорее всего, к калмыкам, казахам, башкирам или татарам.

Слово «шалгын» в тюркских языках имеет несколько значений. В калмыцком «шалһн» — это «спорыш», «горец птичий» — неприхотливая трава, которая растёт вдоль дорог. Прозвище Шалгын могли дать человеку невысокому, цепкому, живущему на одном месте, или тому, кто был похож на эту траву внешне — сухощав, с мелкими чертами. В казахском языке «шалғын» означает «луг», «пойма», «сенокосное угодье». В этом случае прозвище могло указывать на место жительства — человек с лугов, или на занятие — косарь, сенокосчик.

Суффикс -ов в фамилии Шалгынов — стандартный русский патронимический формант, который присоединялся к тюркским основам при оформлении фамилий у крещёных или обрусевших народов Поволжья, Урала и южных степей. Это типичная модель для фамилий, возникших в XIX веке, когда представители нерусских народов получали фамилии по отцу: «чей?» — Шалгынов, то есть сын Шалгына.

Интересно, что фамилия Шалгынова встречается в основном в ареале расселения калмыков — в Калмыкии, а также в соседних Астраханской и Волгоградской областях. Встречается она и у башкир. Это сужает круг поиска: предки носительницы фамилии с большой вероятностью были калмыцкими или башкирскими крестьянами, скотоводами или сенокосчиками, получившими фамилию по прозвищу отца.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шалгынов стоит в одном ряду с Шалгиным (от той же основы через суффикс -ин), Шалгановым и Шалмановым. Но именно форма Шалгынов сохранила корень с тюркским «ы» — это указывает на более позднюю и прямую фиксацию исходного слова, без русификации гласной.