Фамилия Шалгынов — редкая, и её разбор упирается в тюркскую основу. В русском языке она оформлена по стандартной модели: к корню «шалгын» добавили суффикс принадлежности -ов (вариант -ев после мягкого согласного, но здесь твёрдая основа, отсюда -ов). Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и служилых людей начиная с XVI–XVII веков, когда отчество или прозвище на -ов закреплялось за потомками.

Корень «шалгын» — тюркский, и здесь возможны две основные версии. Первая и самая прямая: слово «шалгын» в ряде тюркских языков (например, в казахском, киргизском, татарском) означает «трава», «сорняк», «бурьян» или «степная растительность». Прозвище Шалгын могли дать человеку, который жил в степи, занимался сенокосом или имел какое-то отношение к диким травам — пас скот, знал лекарственные растения. Вторая версия менее очевидная, но имеющая право на существование: «шалгын» может быть диалектным вариантом слова «шалғын» (с другим ударением), что в некоторых говорах означает «луг» или «пойма». В этом случае прозвище указывало бы на место жительства — «луговой человек».

Спорных гипотез, связывающих фамилию с каким-либо личным именем (вроде Шалгын-бай или Шалгын-бек), в доступных ономастических источниках нет, и притягивать их не стоит. Тюркские фамилии на -ов часто возникали на территории Поволжья, Урала, Сибири и Казахстана, где русская административная система фиксировала прозвища местных жителей с добавлением русского патронимического суффикса. Шалгыновы могли быть как крещёными татарами, так и русскими переселенцами, получившими прозвище от тюркского соседа.

Особенность фамилии — её редкость и почти полное отсутствие в центральных областях России. Она встречается точечно в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Это указывает на локальное происхождение: вряд ли Шалгыновы разошлись широко, скорее всего, род остался в тех же краях, где прозвище дали первому носителю. Фамилия не перешла в разряд дворянских или купеческих — никаких следов в родословных книгах нет, что подтверждает её крестьянские или казачьи корни.