Фамилия Шалгин — одна из тех, где основа и суффикс указывают на прозвище, но само прозвище не лежит на поверхности. Суффикс -ин говорит о том, что фамилия образована от имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я (Шалга). То есть Шалгин — буквально «сын Шалги» или «человек из рода Шалги».

Самая вероятная версия происхождения прозвища Шалга связана с диалектными словами. В северных и сибирских говорах «шалга» — это мелкий лес, кустарник, а также жердь или тонкое бревно. Человека могли прозвать Шалгой за высокий и худой рост, за угловатость или, наоборот, за то, что он жил в лесистой местности. Менее распространённая, но возможная версия — от тюркского корня «шал» (седой, старый) с добавлением уменьшительного суффикса, но для фамилии Шалгин это менее характерно, так как тюркские основы обычно дают фамилии на -ов/-ев.

В ономастических справочниках фамилия Шалгин не относится к числу широко распространённых. Она встречается в основном в центральных областях России, а также в Поволжье и на Урале — там, где были сильны северорусские диалектные традиции. Интересно, что фамилия Шалгин имеет однокоренные «родственники»: Шалганов и Шалгун — все они восходят к тому же прозвищу, но с разными суффиксами, что указывает на разные модели образования в разных говорах.

Сословно носители фамилии Шалгин в большинстве своём были крестьянами или посадскими людьми. Прозвище Шалга не несло негативного оттенка — скорее, оно было бытовым, описательным, как многие русские прозвища, дававшиеся по внешности или месту жительства. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Шалгиных в Архангельской и Вологодской губерниях, что подтверждает северное происхождение фамилии.