Фамилия Шамбура — редкий пример, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные русские суффиксы -ов, -ин или -ский. Фактически это застывшее прозвище или, реже, нецерковное имя, которое носил предок. В русской традиции фамилии на -а, -я с ударением на последний слог (как Шамбура́) чаще всего имеют украинское или белорусское происхождение, где подобная модель обычна: Шамбура, Голота, Гуляйполе.

Корень слова «шамбур» в русских говорах имеет несколько значений, и от того, какое из них легло в основу, зависят возможные занятия предка. В южных и западных диалектах «шамбур» — это стебель растения, особенно конопли или кукурузы, ствол без листьев. Прозвище Шамбура могли дать высокому, сухощавому человеку — «длинному, как стебель». Другое значение, зафиксированное в словаре Даля, — «шум, гам, возня». В этом случае Шамбура — прозвище шумного, крикливого человека, задиры или балагура. Есть и третья версия: в некоторых говорах «шамбур» означал «оборванец» или «неопрятный человек», что тоже могло стать основой для прозвища.

Менее вероятно, но не исключено, что фамилия имеет тюркские корни. В тюркских языках «шам» — свеча, «бур» — меловой, беловатый. Тогда Шамбура могло быть прозвищем человека со светлыми волосами или бледной кожей. Однако для фамилий, бытующих на юге России и Украины, славянская версия со стеблем или шумом выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шамбура встречается преимущественно в Краснодарском крае, Ростовской области и на востоке Украины — в регионах, где исторически смешивались русские, украинские и казачьи традиции. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где прозвища давали по внешним признакам или поведению.

Суффиксальная модель здесь отсутствует — фамилия сохранила форму именительного падежа единственного числа. Это указывает на то, что она оформилась поздно, в XVIII–XIX веках, когда фиксация фамилий по документам часто оставляла прозвище без изменений, особенно на окраинах империи.