Фамилия Шарафханова образована от арабо-тюркского мужского имени Шарафхан. Оно восходит к двум основам: первая из них, «шараф», в переводе с арабского означает «честь, почет, слава», «высшая степень, высший ранг», «благородство, знатность, аристократизм». Вторая часть, тюркское слово «хан», переводится как «повелитель, властелин». Соответственно, имя Шарафхан можно перевести как «великий, благородный правитель». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Шарафхановых можно лишь на основании генеалогических исследований.