Фамилия Шарафханов образована от арабо-тюркского мужского имени Шарафхан. Оно восходит к двум основам: первая из них, «шараф», в переводе с арабского означает «честь, почет, слава», «высшая степень, высший ранг», «благородство, знатность, аристократизм». Вторая часть, тюркское слово «хан», переводится как «повелитель, властелин». Соответственно, имя Шарафхан можно перевести как «великий, благородный правитель».