Фамилия Шарафудинова — одна из тех, где разговорное произношение почти полностью совпадает с исходным арабским именем, но разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание -ова указывает на принадлежность к роду: это женская форма, от мужской Шарафудинов. Модель образования типична для русских фамилий из тюркской и мусульманской среды: к личному имени добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем — окончание женского рода. В мужском варианте фамилия звучала бы как Шарафудинов, но в быту чаще пишут и слышат именно женскую форму.

Основа — составное арабо-персидское имя Шараф-уд-Дин (араб. شرف الدين), что значит «честь веры» или «слава религии». Первая часть «шараф» — «честь, достоинство, слава», вторая «дин» — «вера, религия». В исламской ономастике такие имена (с элементом «ад-дин») давали в знак благочестия, часто в семьях религиозных деятелей или уважаемых людей. Имя Шарафудин встречается у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии, реже — у арабов в упрощённой форме.

География фамилии Шарафудинова в России — преимущественно Поволжье и Приуралье: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается и у азербайджанцев, и у дагестанских народов, но в русской записи. Примечательно, что в метрических книгах Российской империи XIX века такие фамилии не фиксировали — их заменяли отчествами, а сама фамилия сложилась в советский период, когда паспортизация закрепила за потомками Шарафуддиновых стандартную форму с русским суффиксом.

Спорных версий здесь почти нет. Иногда пытаются связать «шараф» с тюркским «шарап» (вино), но это ошибка: корень «шараф» — семитский, а не тюркский. Единственная альтернатива — что имя восходит к персидскому «шараф» в том же значении, но персидский заимствовал слово из арабского. Так что основа фамилии ясна: предок носителя носил имя Шарафудин, которое в быту сокращалось до Шарафуд, а затем фамилия закрепилась в русском оформлении.

Если сравнивать с родственными фамилиями — Шарафутдинов, Шарафетдинов — разница лишь в огласовке (у/е) и в том, что Шарафудинов встречается реже. Это не опечатка, а диалектный или исторический вариант произношения: в некоторых тюркских языках краткий гласный после «ф» звучал как «у», а не как «е». Поэтому Шарафудинова — не искажение, а равноправная форма той же основы.