Фамилия Шаракоене — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью выдаёт географию и этническое происхождение носителя. Финальное «-ене» — характерный балтийский суффикс, указывающий на литовские или, реже, латышские корни. В литовской ономастике фамилии с таким окончанием часто образованы от прозвищ или названий занятий, причём суффикс может означать принадлежность к роду или месту.

Основа «Шарако-» с большой вероятностью восходит к литовскому šaroti или šarvas. Šarvas — это «доспех», «броня», а šarvuotas — «закованный в броню». Глагол šaroti может означать «сверкать», «блестеть» (как металл). Таким образом, исходное прозвище Шарако (Šarakas) могли дать человеку, который имел отношение к военному снаряжению: кузнецу-оружейнику, воину в доспехах, или же просто человеку с резким, «сверкающим» взглядом. Второй вариант менее вероятен, но не исключён: šarkas по-литовски — «сорока», и прозвище могло быть пейоративным, связанным с болтливостью или пёстрой одеждой.

Адаптация в русском языке произошла по типичной для западных губерний модели: литовский суффикс «-as» в основе перешёл в «-о», а окончание «-ene» сохранилось как неизменяемая часть. Встречается вариант Шараконе — с упрощением гласной, но полная форма Шаракоене ближе к исходному Šarakėnas или Šarakonis. Фамилия крайне редка, её носители, скорее всего, происходят из исторической этнической Литвы или прилегающих районов Беларуси. Сословно это, вероятнее всего, крестьяне или ремесленники, так как литовские дворянские фамилии чаще оканчивались на «-ич» или «-ский» и имели другую морфологию.