Фамилия Щебинина — женская форма, мужская — Щебинин. В основе лежит прозвище, и здесь есть небольшая загадка, которую стоит разобрать. Самое прямое и очевидное объяснение — от слова «щебень» (мелкий камень, отходы при дроблении). В таком случае прозвище Щебень или Щебинь мог получить человек, занимавшийся добычей или обработкой камня, либо живший на каменистой почве. Однако в русских говорах у слова «щебень» есть и переносное значение: так могли назвать болтливого, «сыплющего» словами человека, или, наоборот, мелкого, суетливого.

Но есть и альтернативная, более редкая версия. В некоторых диалектах «щебина» — это щель, трещина, расселина. Прозвище Щебина могли дать человеку с заметным дефектом речи (шепелявому) или, что правдоподобнее, тому, кто жил в овраге, ущелье, «в щели» между холмами. Топографические прозвища — одни из самых древних и устойчивых.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа (Щебин-) плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Щебины). Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ на -а/-я. Встречаемость фамилии Щебинины невысока, географически она тяготеет к центральным и южным областям России, где развито было каменное строительство и где есть овражный рельеф — например, в Тульской, Орловской, Курской губерниях. В дореволюционных переписях попадаются Щебинины среди крестьян и однодворцев, что подтверждает народное, недворянское происхождение.

Сравните с однокоренными фамилиями: Щебнев, Щебетов (от «щебетать»), Щепетков (от «щепеткий» — щеголеватый). Щебинин стоит особняком — его корень не столь прозрачен, и именно эта неоднозначность даёт простор для реконструкции: предок мог быть и камнетёсом, и жителем оврага, и просто говорливым человеком.