Фамилия Щипченко образована по распространённой в украинской и южнорусской ономастике модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». Этот суффикс указывает на восточнославянское, скорее всего украинское, происхождение: такие фамилии массово закрепились на Левобережной Украине, Слобожанщине и в южных губерниях Российской империи в XVII–XVIII веках.

Основа фамилии — Щипк(о). Это прозвище или уменьшительное имя, восходящее к глаголу «щипать». В диалектах и старом быту слово имело несколько значений. Самое прямое — «тот, кто щиплет», то есть скупец или обидчик, который прижимает, ущемляет. Но вероятнее, что прозвище относилось к ремеслу: щипальщик — рабочий, который обрабатывал лён или пеньку, отделяя волокно от костры. В ткацком и прядильном деле щипание было одной из главных операций, и мастера-щипальщики составляли заметную прослойку в сёлах и городах.

Менее распространённая версия связывает Щипка с диалектным «щипок» — мелкая рыба, снеток, или же с «щипец» — острый конец, шип. В таком случае прозвище могло получить человек с острыми чертами лица или колким характером.

Обратите внимание на суффикс -к- в основе: форма Щипко (или Щипка) — типичное украинское усечённое прозвище, от которого затем прибавили патронимический суффикс -енко. В русских говорах аналогичное прозвище чаще превращалось бы в фамилию Щипков. Таким образом, Щипченко — это «сын Щипка», а сам Щипко, скорее всего, был ремесленником, связанным с обработкой волокна, или просто человеком, которого за характер прозвали Щипком.

Среди однокоренных фамилий — Щипачёв, Щипков, Щипцов, Щипун. Все они держатся на одной смысловой основе, но различаются суффиксами, что говорит о разных регионах и времени закрепления. Фамилия Щипченко относительно редкая, встречается разрозненно, что типично для поздних патронимов, не связанных с дворянскими родами.