Фамилия Щулин образована от прозвища или нецерковного имени Щуля. В основе, скорее всего, лежит глагол «щулить» — в северных и сибирских говорах он означал «щуриться, жмуриться», а в некоторых диалектах — «хитрить, лукавить». Человек с таким прозвищем мог иметь привычку прищуриваться или отличаться хитроватым нравом. Менее вероятна связь с названием рыбы «щука»: суффикс -ин в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к отцу (чей сын?), и форма «Щулин» логичнее выводится из Щуля, а не из Щука (от Щукина была бы фамилия Щукин).

Суффикс -ин указывает на древний тип русских фамилий, распространённый на севере и в центральной России. Такие фамилии закреплялись за крестьянами и посадскими людьми раньше, чем дворянские, и часто фиксировались в переписных книгах уже в XVI–XVII веках. Щулин — фамилия нечастая, но встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает диалектное происхождение прозвища.

Встречается также вариант написания Щюлин — с буквой «ю» вместо «у», но это редкая орфографическая ошибка, не меняющая значения. Поскольку фамилия недворянская и не попала в родословные книги, её носители в массе своей были крестьянами или ремесленниками. Точных сведений о первом известном носителе нет, но ономастические справочники (например, работы В. А. Никонова) относят подобные модели к разряду «прозвищных» фамилий, образованных от личного именования по внешнему признаку или характеру.