Фамилия Шеболдаева — женская форма фамилии Шеболдаев, а та образована от прозвища или нецерковного имени Шеболдай. В основе лежит диалектное слово «шеболда» — так в ряде русских говоров, особенно на севере и в Сибири, называли болтуна, пустомелю, трещотку, а также непоседливого, суетливого человека. Слово это звукоподражательное, родственное глаголам «шебетать», «шебаршить» — шуметь, трещать, болтать без умолку. Таким образом, Шеболдаем могли прозвать говорливого, беспокойного человека, от которого много шума.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ай (как в прозвищах Лентяй, Гуляй, Болтай) присоединялся к глагольной основе, образуя имя-прозвище по характерному действию. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ев, что типично для русских фамилий от основ на -ай: Шеболдай → Шеболдаев. Ударение, скорее всего, на последний слог — Шеболда́ев, хотя в разговорной речи встречаются варианты.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается она нечасто, но не является исчезающе редкой. В старых документах можно найти упоминания: например, в переписных книгах XVII века по Вятке и Перми Великой фиксировались крестьяне с прозвищем Шеболда. Это указывает на крестьянское, возможно, посадское происхождение рода — дворянских родов с такой фамилией не известно.

Интересная деталь: у фамилии есть «двойник» — Шабалдаев, от варианта «шаболда» (то же значение). В некоторых говорах «шеболда» и «шаболда» употреблялись как равнозначные, так что Шеболдаевы и Шаболдаевы, вероятно, родственны по происхождению, хотя сейчас это разные фамилии. В отличие от многих фамилий на -ев, образованных от крестильных имён (Тимофей → Тимофеев), Шеболдаев стоит в ряду прозвищных фамилий, напрямую описывающих характер предка — скорее всего, живого, разговорчивого и не слишком спокойного человека.