Фамилия Шелегатский — редкий пример модели, где к западнорусской или польской основе прикрепился типичный дворянский суффикс «-ский». В отличие от массовых фамилий на «-ов» и «-ин», эта форма указывает на возможное происхождение от названия места: села, усадьбы или хутора. Скорее всего, предок носителя фамилии владел землёй или жил в местечке Шелегаты (Шелегатово) — топоним, который сегодня можно искать в Беларуси, на востоке Польши или в западных областях Украины.

Корень «Шелег-» (или «Шеляг-») восходит к польскому «szeleg» — так называли мелкую монету, грош. В переносном смысле «шелег» могло стать прозвищем скупого человека, мелочного торговца или, наоборот, того, кто «копейку бережёт». В белорусских говорах слово «шэлег» означало ещё и «щепку», «занозу» — возможно, прозвище дали худощавому или колкому на язык человеку.

Написание через «а» — «Шелегатский» — указывает на адаптацию фамилии к русской орфографии. В польском варианте она звучала бы как «Szelegacki» или «Szelegatki». Суффикс «-ат-» в основе — характерная черта балтийских и славянских топонимов: он образует прилагательные со значением «принадлежащий чему-то» (сравните: «бородатый» — «тот, у кого борода»). То есть Шелегатский — буквально «происходящий из Шелегат», места, названного, возможно, по первому поселенцу с прозвищем Шелег.

Поскольку фамилия не массовая и не фиксируется в старых боярских списках, её носители, вероятно, относились к мелкопоместной шляхте или однодворцам — служилым людям, которые после разделов Речи Посполитой оказались в составе Российской империи и получили фамилии по месту жительства. Встретить Шелегатских сегодня можно в основном в западных регионах России, Беларуси и среди потомков переселенцев из этих земель.