Фамилия Шелопуто звучит необычно, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, эта фамилия украинская или южнорусская, и образована она от прозвища, которое дали человеку с характерной внешностью или поведением.

Первый и самый вероятный корень — «шелóпа» или «шолóпа». В украинских и южнорусских говорах это слово имело несколько значений: так могли назвать человека с отвислой губой (от «шолопать» — шлёпать, болтаться), нерасторопного или неопрятного. Близкое слово «шолопай» означало «ротозей», «простофиля». Второй вариант — связь с диалектным «шолоп» (негодяй, бесстыдник), но это значение более резкое и встречается реже.

Суффикс «-ут-» в фамилии — типичный для украинских и польских прозвищ (сравните: Лопуто, Товкуто). Он часто придаёт слову оттенок обладания признаком или склонности к чему-то. Фамилия на -о в именительном падеже (Шелопуто, а не Шелопутов) указывает на то, что она не прошла полную русификацию — такие формы распространены на Украине, в Беларуси и на юге России.

Версия о происхождении от названия растения «шелопуга» (вид полыни) или от глагола «шелупить» маловероятна: словообразование не сходится. Фонетически фамилия могла возникнуть и из «Шолопуто» — в украинских говорах «е» и «о» после шипящих часто менялись.

Таким образом, предок носителя фамилии Шелопуто, скорее всего, получил прозвище за внешнюю особенность (отвисшая губа, небрежный вид) или за медлительность. Фамилия закрепилась в той среде, где говорили на украинских или южнорусских говорах, и не была изменена под влиянием московской традиции на -ов.