Основой фамилии Шенина послужило мирское имя Шеня. Мирское имя Шеня образовано от аналогичного нарицательного со значением «жеребёнок, стригунок». У многих народов слово «жеребёнок» употреблялось в качестве ласкового обращения к ребёнку. Таким образом, Шеней могли назвать горячо любимого ребёнка. По другой версии, Шеня — это типичное мирское имя, образованное от названия животного. Давая младенцу такое имя, как Шеня, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шеня, со временем получил фамилию Шенина.