Фамилия Шенюк — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а географическое название, причём не славянское. Разбирать её стоит с суффикса -юк, а не с корня. В украинской ономастике суффикс -юк (наряду с -чук, -енко) образует фамилии по модели «сын такого-то» или «выходец оттуда-то». В данном случае он прикреплён не к личному имени, а к топониму — скорее всего, к названию населённого пункта Шеня (Шеня-Шенюк) или к реке Шеня (приток Припяти, протекает через украинское Полесье и Беларусь). Человек, которого звали Шенюк, — это, вероятно, приезжий из местности, где есть река Шеня, или выходец из села с похожим названием (например, Шеневка на Волыни).

Корень шен- не славянского происхождения. Скорее всего, это балтский гидроним: в Литве и Латвии есть реки Šešuvis, Šventoji, а корень šen- означает «близкий, свой» на литовском, но в топонимике он часто обозначает просто «река» или «течение». Фамилия Шенюк могла закрепиться за полесским крестьянином или казаком, который перебрался на новое место и получил прозвище по прежнему месту жительства. В пользу этой версии говорит и география: большинство носителей фамилии Шенюк сегодня — выходцы из Волынской, Ровенской и Житомирской областей Украины, то есть из регионов, где балтский субстрат в гидронимии особенно силён.

Версия о происхождении от имени Шеня (гипотетической формы от Шенята, Шенечка, производной от Шеня — уменьшительной формы от Шеняй, литовского имени Шенюс) менее правдоподобна, так как личное имя Шеня в славянской антропонимии не зафиксировано. Зато есть польская фамилия Szyniuk (от szynka — «окорок»), но украинский суффикс -юк и привязка к реке дают более логичную картину. Социально фамилия Шенюк — крестьянская, недворянская, без приставок и окончаний, типичных для шляхты (-ский, -ович). Носители фамилии, скорее всего, были свободными или зависимыми земледельцами на Полесье, где балтские и славянские корни переплелись веками назад.