Фамилия Шепетенко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространенных в Украине, он указывает на происхождение от отца: «маленький», «сын» или «потомок» кого-то. В данном случае — потомок человека по прозвищу или имени Шепет. В русских фамилиях такой суффикс встречается реже и чаще всего у выходцев с юга.

Корень «шепет» неоднозначен, и это делает фамилию интересной. Самая прямая версия отсылает к украинскому слову «шепет» (или «шепіт»), что означает «шёпот». В таком случае прозвище Шепет могли дать тихому, неразговорчивому человеку, который говорил едва слышно. Это распространенная модель: по манере речи или голосу (сравните фамилии Шептунов, Молчун).

Однако есть и другая, более редкая версия, которая уводит нас в историю ремесел. В южнорусских говорах и украинском языке слово «шепет» могло означать не только шёпот, но и «щепетильность», «изящество», «франтовство». Отсюда происходит слово «щепетный» — то есть щеголеватый, нарядный, аккуратный до мелочей. Прозвище Шепет мог получить человек, который следил за своей одеждой и манерами, был «щёголем». В этом случае фамилия Шепетенко — родственник фамилиям Щепетков и Щепетильников, которые в старину давали торговцам галантерейным товаром.

Третья версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастике, — связь с глаголом «шептать» в значении «нашептывать, заговаривать, знахарить». Шепетом могли называть колдуна или знахаря, который лечил шепотом.

Географически фамилия Шепетенко почти наверняка привязана к современной центральной и восточной Украине. Наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется в Черкасской и Полтавской областях. Сословно это, скорее всего, казацкая или крестьянская фамилия, образовавшаяся в XVII–XVIII веках, когда суффикс -енко стал массово вытеснять более старые формы именований. Никаких дворянских корней у Шепетенко обычно не прослеживается — это фамилия простого люда, где прозвище отца (Шепет) стало родовым именем для его детей и внуков.