Фамилия Шепетухин образована от прозвища Шепетуха, и её разбор стоит начать именно с этого не самого частого корня. В русских говорах, особенно южных и западных, «шепетуха» — это не просто болтун, а тот, кто шепчется, сплетничает, нашёптывает. Глагол «шепетать» в диалектах означал «шептать», «наушничать». Слово «шепетун» или «шепетуха» давалось человеку, который любит тайные переговоры, распускает слухи или говорит тихо, скрытно. Прозвище носило явную характеристику — указывало на особенность поведения или речи.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Шепетухин — сын или потомок Шепетухи. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Менее вероятна, но возможна связь с устаревшим словом «шепет» — в некоторых говорах так называли щеголя, франта, человека, который «шеперится», то есть наряжается. Однако значение «шептун» встречается в словарях чаще и логичнее ложится в основу прозвища.

Географически фамилия Шепетухин тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Ростовской, а также встречается на Украине. В XIX веке носители фамилии фиксировались среди крестьян и мещан, что типично для прозвищного происхождения — фамилию могли дать в среде, где человека знали по его характерной черте. В дворянских родословных она не отмечена.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шепетов, Шепетовский, Шепетюк — показывает, что корень «шепет-» распространён в разных словообразовательных моделях, но именно Шепетухин с суффиксом -ух- (уменьшительно-уничижительным) подчёркивает прозвищный, бытовой характер. Такие фамилии часто возникали в деревенской среде, где меткое слово закреплялось за родом на поколения. Сегодня фамилия редкая, но сохраняет живую связь с русской диалектной лексикой.