Фамилия Шернун — редкий случай, когда основа не даёт однозначной славянской этимологии. В русском языке нет корня «шернун» или близкого к нему слова, поэтому искать прозвище напрямую в лексике восточных славян бесполезно. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от тюркского или финно-угорского личного имени или прозвища.

Наиболее вероятная версия связывает Шернун с тюркским «шер» (лев, тигр) и суффиксом принадлежности «-нун». В таком случае исходное имя могло звучать как Шернун — «принадлежащий льву», «львиный». Подобные имена с элементом «шер» встречаются у татар, башкир, казахов. Другой вариант: основа восходит к диалектному «шер» (серый, седой) или «шер» (косой, кривой) в некоторых тюркских языках, но это даёт менее яркое прозвище.

Модель образования фамилии — без суффикса, то есть фамилия совпадает с исходным именем или прозвищем, что характерно для фамилий тюркского происхождения, которые не всегда получали русские суффиксы -ов/-ев или -ин. Если бы фамилия была русифицирована, она выглядела бы как Шернунов или Шернунин, но сохранение «голой» основы указывает на позднее закрепление и возможную фиксацию в документах именно в такой форме.

Географически фамилия Шернун тяготеет к регионам с татарским или башкирским населением — Поволжье, Урал, юг Сибири. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальный характер. Предки носителя фамилии могли быть выходцами из тюркской среды, принявшими православие или сохранившими имя в качестве родового прозвища.

Спорных версий мало: некоторые пытаются вывести Шернун из немецкого «Schern» (срез, стрижка) или финского «särki» (плотва), но эти гипотезы не выдерживают критики — ни фонетически, ни географически они не подтверждаются. Наиболее правдоподобным остаётся тюркский след с корнем «шер» в значении «хищный зверь».