Фамилия Шикайкова хранит в основе редкое прозвище или мирское имя Шикай. Оно, скорее всего, связано с диалектным глаголом «шикать» — то есть шипеть, шипеть на кого-то, издавать резкий звук, а также «шиковать» в значении «кричать, звать». В псковских и тверских говорах «шикать» означало ещё и «шарить, рыться». Таким образом, Шикаем могли прозвать человека с громким, резким голосом, либо того, кто любил покомандовать, «шикать» на других, или же суетливого, беспокойного человека.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов- (-ова — женская форма). Она принадлежит к типичным «патронимическим» фамилиям, отвечающим на вопрос «чей?»: Шикайков — сын Шикая. Окончание -а (Шикайкова) указывает на женскую линию, но в современном употреблении это неизменяемая форма фамилии для женщины.

Интересная деталь: фамилия Шикайков (и её вариант Шикайкова) — довольно редкая и имеет чёткую географическую привязку. Основной ареал её бытования — юг России, в частности Ростовская область, а также Поволжье. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде казачества или крестьян-однодворцев, переселявшихся на южные рубежи. В отличие от распространённых Шишкиных или Шибановых, Шикайковы — фамилия локальная, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска.

В дореволюционной России носители фамилии относились в основном к крестьянскому сословию. Никаких дворянских родов Шикайковых в гербовниках не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение — от уличного прозвища, а не от имени святого или княжеского титула.