Фамилия Шиндяаин — редкая и нестандартная по своей структуре. В ней сразу бросается в глаза необычное сочетание гласных «яа» в середине, что часто является следствием не до конца установившегося написания или диалектного произношения. Скорее всего, мы имеем дело с вариантом фамилии Шиндявин или Шиндяев, где в результате «акающего» говора и последующей путаницы на письме «я» превратилось в «яа», а «в» могло выпасть.

Если отбросить искажённое окончание, основа «Шиндя» восходит к прозвищу или имени. В русском языке суффикс «-я» (Шиндя) часто образует уменьшительные или пренебрежительные формы от личных имён. Здесь возможна связь с каноническим именем Шиндий — редкой формой крестильного имени Сисиний (от греческого «сисинос» — «посвящённый Дионису»). В народе это имя переделывали в Шиндей, а от него — Шиндя. Вторая версия, более прозаичная, отсылает к диалектному глаголу «шиндать» или «шиндить», который в рязанских и тамбовских говорах означал «медлить, копаться, делать что-то вяло». Человек с таким прозвищем мог получить его за неспешный нрав.

С точки зрения словообразования, фамилия построена по модели на «-ин», что типично для центральной России: «чей?» — «Шиндин» (сын Шинди). Форма Шиндяаин — это, вероятно, поздний графический вариант, закрепившийся в документах из-за особенностей местного произношения (например, «Шиндя́вин» через «аканье» могло звучать как «Шиндя́аин»). Географически фамилия могла возникнуть в зоне рязанских или владимирских говоров, где такое стяжение гласных встречается. Таким образом, в основе фамилии лежит либо личное имя Шиндя (от Шиндей), либо прозвище по характеру, а необычное написание — это живая примета народной фонетики, застывшая в паспорте.