Фамилия Шипатов образована от прозвища Шипато, которое восходит к древнему балтийскому слову Sipata. На русский язык оно переводится как «насмешник». Вполне вероятно, что это прозвище указывало на черты характера предка. Поэтому Шипатом могли называть человека, который не раз подтрунивал над кем-либо, поднимал на смех. По другой версии, в основе данного прозвища лежит глагол «шипеть», то есть «издавать глухие звуки, напоминающие протяжное произношение звука «ш». В этом случае прозвище Шипато отражало особенности речи предка: низки, глухой голос. Так и прозвище Шипато закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шипатов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шипато, со временем получил фамилию Шипатов.