Фамилия Шипатова — женская форма, мужской вариант — Шипатов. В её основе лежит прозвище или мирское имя Шипат. В русской ономастике суффикс -ат- встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на обладателя какого-либо признака. Шипат — человек с шипом, колючий, острый на язык, либо тот, кто делал шипы (для конской сбруи, обуви, острог). Слово «шип» в древнерусском языке имело широкий спектр значений: не только ботанический колючка, но и металлический стержень, наконечник, а также часть ткацкого станка или рыболовной снасти.

Модель образования проста: к основе «шип-» добавили суффикс -ат- (как в фамилиях Бородатый, Горбатый), затем патронимический суффикс -ов. Получается «сын Шипатого». То есть фамилия не просто указывает на предка по имени Шипат, а подчёркивает его характерную черту — колкость, неуживчивость, или, что вероятнее, профессиональную связь с шипами. Второй вариант: Шипат могло быть уменьшительной формой от канонического имени Шипа (редкое, но встречавшееся в старых писцовых книгах).

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к бывшим Тамбовской, Воронежской и Рязанской губерниям. Там слово «шипатый» в местных говорах означало «колючий» или «цепкий», а «шипать» — щипать, дёргать. Встречаются и белорусские корни: в польском и белорусском языках «szyp» — стрела, дротик, что могло дать прозвище меткому стрелку.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Шипов, Шипилов, Шипулин, — то Шипатов выделяется именно суффиксом, который подчёркивает не просто обладание шипом, а постоянное качество или занятие. В социальном плане носители фамилии чаще были крестьянами или ремесленниками, реже — служилыми людьми «по прибору». Дворянских родов Шипатовых не зафиксировано, что тоже характерно для прозвищных фамилий, не связанных с вотчинным землевладением.