Фамилия Шипелюгина — женская форма фамилии Шипелюгин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, который образован по классической русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шипелюгин буквально значит «чей?» — «сын Шипелюги» или «человек из рода Шипелюги». Основа здесь — прозвище Шипелюга, и именно в нём скрыта главная загадка.

Слово «шипелюга» в русских говорах не встречается как общеупотребительное, но его корень — «шип» — прозрачен. Шипеть, шип, шипеть — звукоподражательная основа, которая в прозвищах обычно доставалась людям с резким, ворчливым голосом, либо тем, кто постоянно выражал недовольство. Формант -юг- в русской антропонимии редок: он встречается в фамилиях типа Костюгин, Харюгин и придаёт основе оттенок просторечия или диалектности. Вполне вероятно, что Шипелюга — это прозвище из северных или сибирских говоров, где такие суффиксы были более распространены.

Есть и вторая, менее очевидная версия: связь с диалектным словом «шипель» — так в некоторых областях называли мелкого, суетливого человека или, по другим данным, вид ремесленного инструмента (шило?). Но «шипелюга» могла возникнуть и как ироничное переосмысление: человека, который «шипит» как змея или как плохо смазанная телега. Никонов в своих работах по ономастике отмечал, что звукоподражательные прозвища часто давали не за внешность, а за манеру речи или поведения.

География фамилии Шипелюгин узкая. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, носители сосредоточены в основном в Вологодской и Архангельской областях, а также на Урале — в Свердловской области. Это подтверждает, что прозвище сложилось в среде севернорусского крестьянства, где потомков Шипелюги записали в ревизские сказки с характерным местным суффиксом.

Сословно фамилия однозначно крестьянская. Никаких дворянских родов Шипелюгиных не известно, и в дореволюционных справочниках «Весь Петербург» или «Вся Москва» эта фамилия не встречается. Её носители — потомки тех, кто в XVI–XVII веках получил прозвище за негромкий, но настойчивый характер или за привычку «шипеть» в спорах. Фамилия редкая, и это её главная ценность: она сохранила живую народную основу, почти не затронутую книжной культурой.