Фамилия Шипеленко — характерный пример южнорусской и украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и Слобожанщине как маркер родства или принадлежности. По сути, Шипеленко — это «сын Шипелы» или «маленький Шипела».

Основа фамилии, «Шипел(а)», восходит к прозвищу. Самое вероятное объяснение — звукоподражательное: «шипеть». Прозвище Шипела могли дать человеку с сиплым, шипящим голосом, тому, кто «шипит» от злости или быстро говорит сквозь зубы. В говорах слово «шипела» могло относиться к ворчуну или недовольному человеку. Менее распространённая, но допустимая версия — связь с диалектным «шипель» (змея, гадюка), что давало прозвищу зооморфный оттенок: «скользкий», «злой» или «осторожный, как змея».

Фамилия редкая и географически привязана к Украине и югу России. Она встречается в Черниговской, Полтавской, Харьковской областях, а также среди казачьих родов Кубани — туда носители фамилии переселялись в конце XVIII — XIX веке. В центральных и северных губерниях России Шипеленко почти не фиксируется, что подтверждает её украинское происхождение.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду с такими же звукоподражательными прозвищами, ставшими фамилиями: Шептун, Шипун, Шипов. Но суффикс -енко сразу выдает её региональную принадлежность: если бы фамилия образовалась в Московской Руси, она звучала бы как Шипелов или Шипелин.

В документах XVIII века встречаются варианты написания: Шипеленко, Шипеленка, а также Шипеленков — последнее могло возникнуть при русификации фамилии на Дону или Кубани. Сегодня наиболее распространённое написание — с конечным -о, что соответствует литературной норме украинских фамилий.