Фамилия Шипоков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным ремеслом или занятием, а не с внешностью. Самый прямой и правдоподобный путь: от слова «шипок». В русских говорах шипком называли не только маленький шип, но и — что важнее — инструмент сапожника: металлический или деревянный стержень, которым прокалывают кожу для дратвы. Соответственно, Шипок — это прозвище мастера-сапожника, работавшего с шипком. Фамилия образована по стандартной патронимической модели «-ов», то есть «сын Шипока».

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища по характеру: «шипок» как колючий, язвительный человек. Однако в ономастике ремесленные прозвища встречаются гораздо чаще, чем метафорические, тем более что для «колючего» человека в русском языке есть более ходовые прозвища (Колючий, Ежов). Версия с сапожным инструментом выглядит убедительнее ещё и потому, что фамилия явно русская, а не украинская (где «шипок» могло бы означать «цветок шиповника» — там модель была бы Шипок, без суффикса).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где сапожный промысел был особенно развит. Встречается она нечасто, что типично для фамилий от узкопрофессиональных прозвищ: носителей одного прозвища в селе было немного. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямая статья про Шипокова отсутствует, но модель полностью укладывается в описанные им принципы образования фамилий от названий орудий труда. Так что предок нынешних Шипоковых с высокой долей вероятности тачал сапоги и пользовался шипком.