Фамилия Шишарин — звонкая, с двойным «ш», и сразу наводит на мысль о чём-то остром или колком. И это верное направление. Основа здесь — прозвище Шишарь, а тот, в свою очередь, произошёл от слова «шиш». В древнерусском языке «шиш» означало не только колючку, но и вора, бродягу, разбойника, а также — остроконечный предмет, вроде башни или купола. Поэтому у фамилии два смысловых полюса: либо предок был человеком опасным, неспокойным, либо получил прозвище за внешнее сходство — высокий, худой, с торчащими волосами.

Модель образования простая и типичная для русского Северо-Востока: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Шишарин, то есть сын Шишаря). Суффикс -арь в прозвище — редкий, но выразительный: он часто прибавлялся к основе для обозначения деятеля (ср. «писарь», «звонарь»). Шишарь — это «тот, кто связан с шишом», то есть либо разбойник, либо человек с шишковатой головой. В вятских и пермских говорах слово «шиш» бытовало именно в значении «бродяга», и не случайно фамилия Шишарин встречается преимущественно в этих краях.

Споров у этимологов почти нет. Версия с «шишкой» (шишкарём, сборщиком кедровых орехов) менее вероятна: для сборщика шишек было бы прозвище Шишкарь, а не Шишарь. Исходная форма — Шишарь — чётко выводится из «шиш» плюс деятельный суффикс. Так что, скорее всего, первый Шишарин был либо лихим человеком, либо долговязым и костлявым.

Фамилия не относится к дворянским и не фиксируется в древних боярских списках. Это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая не раньше XV–XVI веков, когда прозвища начали закрепляться за родом. В переписях XVIII–XIX веков Шишарины плотно сидят в Вятской губернии, особенно в Слободском и Глазовском уездах. Позже часть носителей переселилась на Урал и в Сибирь.

Редкий случай, когда фамилия не имеет параллельных форм с другими суффиксами (Шишаров, Шишарский практически не встречаются). Это делает её локально устойчивой и легко узнаваемой. Если вы Шишарин, то с высокой вероятностью ваши предки — вятские крестьяне, и прозвище у них было неласковое, но точное.