Фамилия Шишканаков — один из тех случаев, когда корень слова неочевиден, а суффиксальная цепочка подсказывает, как именно и где образовалась фамилия. Если отбросить окончание, основа — Шишканак. Сразу бросается в глаза редкий тюркский суффикс -ак, который в русских фамилиях почти не встречается, зато типичен для южно-сибирских и среднеазиатских языков. Он образует уменьшительные или ласкательные формы от имен и прозвищ. Значит, перед нами не русская, а тюркская (вероятно, хакасская, алтайская или шорская) фамилия, русифицированная через добавление патронимического суффикса -ов.

Корень «шишкан» — центральный для понимания. В тюркских языках Сибири (хакасском, шорском, алтайском) слово «шишкан» или «чыжан» означает «мышь», «полёвка», а в переносном смысле — юркого, мелкого, суетливого человека. Прозвище Шишкан могли дать невысокому подвижному человеку или охотнику на мелкого зверя. Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: «шишкан» — диалектное русское слово, означающее шишку, нарост или ухаб, но в таком случае фамилия оканчивалась бы на -ин (Шишканин), а не на сложный тюркский суффикс.

Модель образования типична для народов Саяно-Алтая: личное прозвище Шишканак (мышонок) → отчество Шишканакович → фамилия Шишканаков. Суффикс -ов указывает, что носители фамилии уже в XIX — начале XX века попали в русскую административную систему, где всех инородцев записывали по стандартной русской схеме. Географически фамилия тяготеет к Хакасии, югу Красноярского края и Кемеровской области — там, где жили тюркоязычные скотоводы и охотники. В центральной России она не встречается.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шишкан, Шишканов, Шишканаев) показывает, что Шишканаков — самая редкая форма, сохранившая исходный тюркский суффикс без усечения. В ней слышен не просто человек по прозвищу Шишкан, а именно «сын маленького Шишкана», что выдает общинный уклад, где ценились родовые клички.