Фамилия Шишканакова — женская форма фамилии Шишканаков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, который образован по стандартной русской модели: основа «Шишканак» плюс типичный суффикс принадлежности «-ов». В центре внимания — само прозвище или имя Шишканак. Это сложное слово, состоящее из двух частей: «шишк-» и «-анак». Первая часть, «шишка», в русских говорах имела несколько значений: помимо всем известной лесной шишки, так называли шишку на теле (опухоль, желвак), а в переносном смысле — важного, влиятельного человека («большая шишка»). Вторая часть, «-анак», — это тюркский уменьшительно-ласкательный суффикс, характерный для имён и прозвищ в татарском, башкирском и других тюркских языках (сравните: Чуванак, Кустанак). Таким образом, Шишканак — это гибридное образование: русский корень с тюркским суффиксом.

Такая смешанная модель — не редкость в Поволжье и на Урале, где русские и тюркские народы веками жили бок о бок. Прозвище Шишканак могли дать человеку с заметной внешней особенностью (например, с шишкой на голове или на лице) либо, что вероятнее, в ироничном или уважительном смысле — «маленькая шишка», то есть человек не самого высокого положения, но с претензией на важность, или, наоборот, невысокий, но крепкий, плотный. Второе значение «шишки» — лесной плод — тоже могло послужить основой для прозвища: так могли называть собирателя шишек, торговца орехами или просто человека с фамильным сходством с этим предметом (например, с круглой головой).

Географически фамилия Шишканаков (и Шишканакова) наиболее характерна для регионов с давними русско-тюркскими контактами: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается она нечасто, что указывает на локальное происхождение — от одного конкретного прозвища, закрепившегося в одном роду. С точки зрения словообразования, суффикс «-ак» (в составе «-анак») — это ещё один тюркский элемент, который в русских фамилиях иногда путают с уменьшительным, но здесь он работает именно как часть сложного прозвища.

Социальный контекст: носители фамилии Шишканаковы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию в XIX веке при массовом учёте населения. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Ударение в фамилии, по аналогии с большинством фамилий на «-ов», падает на последний слог — ШишканакОва, хотя в устной речи встречаются варианты с ударением на «а» в середине (ШишкАнакова), что может отражать местный говор. Сравните с однокоренными, но более простыми фамилиями: Шишкин, Шишков, Шишаков — они образованы от тех же корней, но без тюркского суффикса, что подчёркивает уникальность именно «Шишканаковой» модели.