Фамилия Шишковец — редкий пример, когда географическая привязка спорит с прозвищной основой. Если смотреть на суффикс, то модель образования прозрачна: -ец в русских фамилиях чаще всего указывает на выходца из определённого места. Так, Шишковец — это человек, который пришёл из Шишкова или Шишковки. Деревни с такими названиями разбросаны по всей России — от Тверской области до Сибири, и почти все они получили имя от фамилии или прозвища первого поселенца. То есть первичным могло быть прозвище Шишок или Шиш, а уже от него пошло название села, откуда взялась фамилия.

Однако у суффикса -ец есть и другая функция: в юго-западных говорах (Украина, Беларусь, юг России) он мог присоединяться прямо к прозвищу, минуя топоним. В этом случае Шишковец — буквально «сын Шишка» или «человек, относящийся к Шишку». Основа здесь — древнерусское прозвище Шиш. В старину шишом называли не только колючку или острый предмет, но и бродягу, вора, а в некоторых говорах — ловкого плута. Словарь Даля фиксирует и значение «лазутчик, шпион»: в военном деле XVI–XVII веков «шиши» — это разведчики и диверсанты, которые действовали в тылу врага. Такое прозвище мог получить человек с острым умом, хитрец или, наоборот, заметный внешне — например, высокий и худой, как шиш.

В пользу прозвищной версии говорит и то, что фамилия Шишковец встречается на западе современной Украины — в Волынской и Ровенской областях, где суффикс -ец в фамилиях на -овец типичен. Там же фиксируется и белорусская ветвь. В центральной России носителей почти нет — это косвенно подтверждает, что фамилия сформировалась не в московских землях, а на окраинах, где оседали выходцы из Речи Посполитой.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде «Шишковцев» — последнее было бы формой родительного падежа множественного числа и указывало бы на коллективную принадлежность (из семьи Шишковцевых). Шишковец же — одиночная форма: «один из Шишковых» или «пришелец из Шишкова». В любом случае, предок носителя этой фамилии либо был родом из деревни с «шишковатым» названием, либо носил прозвище, связанное с острым умом, военной хитростью или просто колючим характером.