Фамилия Шкарлупин — наглядный пример того, как прозвище, данное по внешности или характеру, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит диалектное слово «шкарлупа» — так в южных и западных говорах называли скорлупу (яичную, ореховую). Сравните с украинским «шкаралупа» и белорусским «шкарлупіна». Человек мог получить прозвище Шкарлупа за несколько причин: за маленький рост и хрупкое телосложение (как скорлупа — тонкая и ломкая), за привычку всё критиковать и «долбить», как клюв, или за нелюдимость, замкнутость — как в скорлупе. В некоторых говорах слово имело и переносное значение: «скупой, жадный человек» (прижимистый, как скорлупа, ничего не отдающий).

Суффикс -ин указывает на модель образования от прозвища на -а: Шкарлупа → Шкарлупин, то есть «сын Шкарлупы». По такой же схемы возникли фамилии Карасёв, Скорлупин, Шелупин. Интересно, что в русских говорах встречается и вариант «шкарлупка» — уменьшительное, от которого могла произойти фамилия Шкарлупкин (хотя она значительно реже).

Географически фамилия Шкарлупин тяготеет к югу России — Курская, Воронежская, Ростовская области, а также к Украине. Это объясняется ареалом слова «шкарлупа»: на севере России скорлупу называли «скорлупой» или «шелухой», поэтому фамилия там почти не встречается. В документах XVIII–XIX веков Шкарлупины фиксируются среди однодворцев (государственных крестьян, потомков служилых людей) и казаков — например, в станицах Дона и Кубани.

Редкая черта фамилии — начальное «шк» вместо более привычного «ск». Это типичный признак западнорусских и украинских говоров, где произошло отвердение или переход звуков: «скорлупа» → «шкарлупа». Так что носитель фамилии Шкарлупин почти наверняка имеет корни в зоне украинско-русского пограничья, где смешивались диалекты. Фамилия недворянская, не книжная — она вышла из народной речи, и её первоначальный смысл сегодня почти стёрся, но сохранил звучание, которое сразу выдаёт в ней прозвище, а не имя.