Фамилия Шкарлупина — редкий случай, когда основа слова почти наверняка отсылает к конкретному предмету, но её значение в прозвище могло быть совсем не «предметным». Корень — «шкарлуп-», диалектный вариант слова «скорлупа». В русских говорах (особенно южных и западных) «шкарлупа» или «шкарлупка» — это яичная скорлупа, кожура ореха, вообще твёрдая оболочка чего-либо.

Отсюда два правдоподобных пути происхождения. Первый — прозвище Шкарлупа могли дать человеку маленького роста, хрупкого телосложения, как скорлупа, или, наоборот, тому, кто был «крепким орешком», то есть внешне неказистым, но с характером. Второй, бытовой: прозвище могло закрепиться за тем, кто занимался раскалыванием орехов, очисткой семечек — мелкой, пыльной работой, которую в деревне часто поручали подросткам или старикам. Возможен и третий, более прозаичный вариант: Шкарлупой в насмешку называли лысого человека — «голый, как яйцо».

Суффикс «-ин» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Шкарлупа → Шкарлупин (чей? — сын Шкарлупы). Фамилия женского рода Шкарлупина — это форма от мужской Шкарлупин, то есть «жена или дочь Шкарлупина». Встречается она преимущественно на юге России и в Поволжье, что совпадает с ареалом бытования слова «шкарлупа». В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные случаи разбираются как типичные прозвищные фамилии от названий предметов обихода, но «Шкарлупин» — один из самых редких и наглядно-образных примеров. В сословном плане это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия: в дворянской среде такие бытовые прозвища не приживались.