Фамилия Шкарнего — редкий случай, когда написание подсказывает географию точнее, чем корень. Окончание -ого выдает северо-западное или юго-западное происхождение: так склоняли фамилии в старых польских, белорусских и украинских документах, а в русской традиции закрепилась форма -ово или -ево. Выходит, что перед нами не русская фамилия в узком смысле, а скорее западнорусская или украинская, адаптированная к местному говору.

Корень «шкарн» — тёмный и спорный. Самая прямая версия: от украинского или польского слова «шкарний» — неказистый, плохой, негодный. В польском szkaradny значит «отвратительный, уродливый», в украинских говорах «шкарний» — «плохой, дрянной». Прозвище Шкарный могли дать человеку с дурным характером или некрасивой внешностью, но не обязательно с обидным оттенком — в деревне такие прозвища часто закреплялись иронично или как оберег.

Есть версия, что основа связана с диалектным «шкара» — корка, нарост, струп. Тогда Шкарнего — потомок человека с заметным кожным дефектом. Эта гипотеза слабее: слово «шкара» встречается реже и не даёт устойчивой модели для фамилии. Правдоподобнее всё-таки связь с «шкарний» как с оценочным прозвищем.

Суффикс -ев (в форме -его) указывает на притяжательное значение: сын Шкарного. Такая модель типична для украинских и белорусских фамилий, где прилагательное переходило в фамилию без дополнительных суффиксов. В России похожий случай — фамилии на -ого вроде Дурново или Черного, но они редки и чаще дворянские. Шкарнего, напротив, скорее крестьянская или мещанская фамилия, и её носители жили на землях бывшей Речи Посполитой.

Сейчас фамилия встречается единично, в основном в Украине и на юге России. В дореволюционных переписях её почти нет — либо из-за редкости, либо из-за того, что писарь записывал Шкарного или Шкарнева. Носителей мало, и точных данных об известных людях с этой фамилией нет. Для потомка это значит только одно: фамилия не размылась в массе, а сохранила локальный корень, который ведёт к прозвищу предка — скорее всего, нелестному, но крепко запомнившемуся соседям.