Фамилия Шкарнега — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет украинские или белорусские корни, на что указывает характерный суффикс -ег(а). В восточнославянской ономастике такие фамилии часто образовывались от прозвищ, причём суффикс -ег(а) мог придавать слову оттенок громоздкости или нелепости (сравните с украинскими фамилиями Шередега, Борщега). Основа «шкарн-» — самая загадочная часть.

Вероятнее всего, в основе лежит украинское слово «шкарупа» или «шкарлупа» — скорлупа, шелуха, твёрдая корка. В переносном смысле так могли назвать человека нелюдимого, «закрытого», как в скорлупе, или, наоборот, худого, сухопарого. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «шкарник» — так в некоторых говорах могли называть того, кто сдирает кору или занимается грубой работой с деревом. Третья версия отсылает к литовскому или польскому корню, где «skarna» означает «бедный» или «жалкий» — такое прозвище могло закрепиться за переселенцем.

Фамилия Шкарнега почти не встречается в центральной России. Основной ареал её бытования — западные области Украины (Волынь, Ровенщина) и юг Беларуси, откуда она могла распространиться с крестьянскими переселениями конца XIX — начала XX века. Суффикс -ег(а) в этой фамилии — не просто грамматический элемент, а указание на то, что прозвище было острым, эмоциональным, возможно, насмешливым. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская, без дворянского следа.

Таким образом, предок носителя фамилии Шкарнега получил прозвище либо по внешней черте (сухость, закрытость), либо по роду занятий, связанному с обработкой чего-то твёрдого. Точное значение утрачено, но «шкарупа» — наиболее обоснованная версия, если исходить из живых говоров.