Фамилия Шкарупета — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ов и -ин, она сохранила исходную форму прозвища и имеет яркую региональную окраску. Скорее всего, её корни ведут в украинскую или южнорусскую языковую среду.

В основе фамилии лежит диалектное слово «шкарупета» или «шкарупка». В украинском и южнорусских говорах так называют жесткую, шершавую кожу, корку, струп или даже огрубевшую часть растения. Прозвище Шкарупета могли дать человеку с грубой кожей на руках или лице — крестьянину, занятому тяжелой физической работой. Другая, менее вероятная версия связывает слово с «шкарупа» (черепок, осколок) — так могли прозвать сварливого, «колючего» человека.

Суффикса в привычном смысле здесь нет: фамилия образована по беспадежной модели, характерной для украинской ономастики. Она застыла в форме именительного падежа, как и многие фамилии на -а, -о (например, Шевченко, Головня). Это указывает на то, что фамилия не прошла русификацию через суффиксы -ов или -ин, что часто бывало при переносе в официальные документы Российской империи.

Встречается фамилия в основном в Черниговской, Полтавской и Сумской областях Украины, а также в приграничных районах России (Курская, Белгородская области). В центральных и северных регионах России она практически не фиксируется. Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — людьми, чья жизнь была тесно связана с землей и трудом, оставлявшим следы на коже.

Есть и более редкая, но любопытная версия: от польского «skorupa» (скорлупа, черепица). В таком случае прозвище могло относиться к гончару или кровельщику. Однако фонетика слова «шкарупета» с характерным «ш» вместо «с» и уменьшительным суффиксом -ет- склоняет к первой, «кожной» версии.