Фамилия Шкирская — женская форма от Шкирский, и её основа, скорее всего, связана с географическим названием. Модель с суффиксом -ск- типична для фамилий, образованных от названий населённых пунктов: Шкирск, Шкиры или похожего топонима. Такие фамилии обычно указывают, что предок был выходцем из этого места или владел землёй в тех краях.

Корень «шкир-» неочевиден для русского уха. Самое правдоподобное объяснение — он восходит к диалектному или иноязычному слову. В польском и украинском языках есть слово «шкира» (шкура, кожа), а в белорусских говорах «шкіра» означает то же самое. Если фамилия действительно оттуда, то прозвище Шкира могли дать кожевнику, скорняку или просто человеку с грубой, «толстокожей» внешностью. Однако в сочетании с суффиксом -ск- логичнее предположить топонимическое происхождение, а не прозвищное.

Вероятно, фамилия имеет западнорусские или польские корни. На территориях бывшей Речи Посполитой — в Беларуси, на Украине, в западных областях России — встречаются названия сёл и хуторов вроде Шкиры или Шкирск. Фамилии на -ский/-цкий там особенно распространены среди шляхты и духовенства, но со временем стали массовыми и у крестьян. Поэтому Шкирские могли быть как мелкими дворянами, так и крестьянами, переселившимися в город и взявшими фамилию по месту прежнего жительства.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «шкир» (разновидность войлока или кошмы). В этом случае фамилия могла бы указывать на ремесло валяльщика, но такая гипотеза слабая — в русской ономастике подобные заимствования редко оформляются суффиксом -ский. Без документальных подтверждений эта версия остаётся лишь догадкой.

По сословной принадлежности Шкирские не образуют единой картины. Известны отдельные дворянские роды с такой фамилией в Волынской и Минской губерниях, но большинство носителей — мещане и крестьяне. Встречаются Шкирские и среди старообрядцев, что указывает на возможную миграцию с северо-запада в более отдалённые регионы.