Фамилия Шкодских — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание окончанием. Это не типичные для центральной России -ов или -ин, а редкая форма на -их/-ых, характерная для северных и сибирских говоров. Такие фамилии, как правило, закрепились в крестьянской среде в XVI–XVII веках и отвечали на вопрос «чьи?»: Шкодских — значит «из семьи Шкоды» или «те, кто живут у Шкоды».

Основа фамилии — прозвище Шкода. В русских диалектах слово «шкода» означало убыток, порчу, вред, а также озорного проказника, того, кто постоянно что-то ломает или пакостит. В польском и украинском языках «szkoda» — жалость, утрата, но в русской ономастике прозвище Шкода чаще давали шаловливому ребёнку или человеку, от которого было много хлопот. Не исключено, что предок получил это прозвище за склонность к мелким шалостям или за то, что часто наносил ущерб хозяйству.

Суффикс -ск- в фамилиях на -их/-ых — явление вторичное. Первоначально в северных говорах (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии) фамилии образовывались через -ов/-ев или -ин, а форма на -ских возникала под влиянием книжной традиции или при переездах. Шкодских — скорее всего, вариант фамилии Шкодин или Шкодов, который со временем «обкатался» в диалекте: «чей? — Шкодин» превратилось в «чьи? — Шкодских» при коллективном именовании семьи.

Встречается фамилия преимущественно в северных регионах России, а также среди старообрядцев, которые дольше сохраняли архаичные модели словообразования. Изредка Шкодских можно найти в Сибири — туда переселенцы принесли фамилию с собой в XIX веке.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шкодин и Шкодов встречаются чаще, а Шкодских — более локальный и редкий вариант. Филологически это ценный пример того, как региональная грамматика формирует облик фамилии: окончание -их/-ых «замораживает» множественное число родительного падежа, что было нормой для северной деревни, но не для официального делопроизводства.