Фамилия Шкулепо звучит редко и сразу обращает на себя внимание окончанием -о, которое в русских фамилиях обычно указывает на украинское или белорусское происхождение. В украинском языке суффикс -енк-о (как в Шевченко) или просто усеченные формы на -о типичны для южных и западных земель. Шкулепо — не исключение: скорее всего, это прозвище, которое застыло в форме именительного падежа единственного числа без дополнительного патронимического суффикса.

Основа фамилии — «шкулеп» или «шкулепа». В украинских говорах слово «шкулепати» означает «ковылять», «идти с трудом» или «шаркать ногами». Человек с такой походкой мог получить прозвище Шкулепа — хромой или неуклюжий. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «шкулепок» — это обрубок, коротышка, щепка. Тогда прозвище относилось к человеку невысокого роста или щуплого телосложения. Оба значения правдоподобны и укладываются в логику бытовых прозвищ Древней Руси.

Менее вероятно, но возможно, что корень связан с глаголом «скулить» (плакать, жаловаться) через чередование согласных — в украинском языке «ш» могло заменить «с» под влиянием местного произношения. Однако прямых лингвистических подтверждений этой версии нет, и она уступает первой по убедительности.

Фамилия Шкулепо не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в ранних московских переписях. Это говорит о том, что носители фамилии относились к крестьянскому или казачьему сословию, возможно, из Черниговской, Полтавской или Харьковской губерний. Там прозвища на -о были обычным делом, а фамилии часто оформлялись уже в XIX веке при переписях.

С точки зрения словообразования, Шкулепо — пример «глухой» фамилии, где прозвище не получило суффикса -ов или -ин, а осталось в исходной форме. Это роднит её с фамилиями типа Непийвода, Паливода или Забияка. Встречаются также варианты написания Шкулеп и Шкулепа, но Шкулепо — самый распространённый.