Фамилия Шкулепов образована от прозвища Шкулеп. Слово «шкулеп» в русских говорах означало «шум, гам, крик, ссора», а также «скандальный, крикливый человек». Вероятнее всего, прозвище дали неуживчивому, вздорному человеку, который постоянно вносил раздор в общину. В некоторых диалектах «шкулеп» могло относиться и к неопрятному, неряшливому человеку, но первое значение выглядит более убедительным.

Модель образования проста: к основе Шкулеп добавили патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность: «сын Шкулепа». Такая схема типична для русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках в среде крестьян, посадских людей и служилых. Суффикс -ов, а не -ин, подсказывает, что основа оканчивалась на согласный.

Фамилия редкая, практически не встречается за пределами России. По данным переписей и архивов, Шкулеповы исторически концентрировались в центральных и южнорусских регионах — в Тамбовской, Воронежской, Рязанской губерниях. Это области, где диалектная лексика сохраняла много архаичных слов, в том числе и «шкулеп». Никакой связи с дворянскими родами или знаменитыми историческими личностями не прослеживается: фамилия осталась в крестьянской среде.

Встречается вариант написания с одной «п» — Шкулепов, но в документах XIX века фиксируется и двойная «пп» (Шкуллепов), что отражало местное произношение с усилением согласного. В современном русском языке нормативным считается написание с одной «п».