Фамилия Шкурятов звучит необычно, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит прозвище, образованное от диалектного слова «шкурят» или «шкурятый». В южнорусских и украинских говорах так могли называть человека с грубой, обветренной или шелушащейся кожей, либо того, кто постоянно работает с кожей — дубильщика, скорняка. Корень здесь тот же, что и в слове «шкура», а суффикс -ят- придаёт прозвищу характерный оттенок: «тот, кто имеет отношение к шкуре» или «похожий на неё».

Модель образования фамилии типовая для русской ономастики: от прозвища на -ята/-ят с помощью патронимического суффикса -ов. Шкурята — так в быту называли человека, а его сын или потомок становился Шкурятовым. Форма на -ят- реже встречается в фамилиях, чем на -ин или -ов от слов с окончанием на согласный, и это делает фамилию более редкой и локальной. Подобные прозвища часто фиксировались в среде крестьян и посадских людей, где внешность или занятие служили главным отличительным признаком.

Есть и другая, менее вероятная версия — от имени Шкуря, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Скорята (от славянского «скорый») или от редкого имени типа Прокурий. Но в этом случае фонетика работает против: переход «ск» в «шк» нехарактерен для русского языка, а для украинского или белорусского — возможен, но тогда фамилия должна была бы писаться как Шкурятов или Шкурятенко. Прозвищная версия остаётся основной.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается она нечасто, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или ремесленной среды, где прозвище, данное за внешность или профессию, закреплялось в документах при переписях XVII–XIX веков. Сейчас Шкурятовы живут в разных регионах, но наибольшая плотность сохраняется в Черноземье и на Кубани.