Фамилия Шлепетнев — один из тех редких случаев, когда корень слова так и не получил однозначного толкования в научной литературе. В ней нет суффикса -ов- в чистом виде: основа Шлепетн- плюс типичный русский фамильный суффикс -ев (вместо -ов после мягкого согласного). Такая модель указывает, что фамилия образована от прозвища или имени Шлепетень, которое в свою очередь произошло от слова «шлепетня» или «шлепет».

Самая правдоподобная версия связывает корень с диалектным глаголом «шлёпать» или «шлепетать». В северных и сибирских говорах «шлепетня» означала что-то мокрое, вязкое, болотистое место, а также могла относиться к человеку — неуклюжему, медлительному, который ходит вперевалку, «шлёпает» по грязи. Прозвище Шлепетень могли дать либо жителю сырой низины, либо человеку с тяжёлой походкой. В словаре В. И. Даля зафиксировано слово «шлёпа» — вялый, разиня, что хорошо ложится на эту версию.

Другое объяснение, менее распространённое, выводит фамилию из профессиональной сферы. В некоторых говорах «шлепетень» — это мастер, который чинит обувь грубой работой, «шлёпает» подмётки. Однако в отличие от фамилии Шлёпин или Шлёпкин, где связь с сапожным делом очевидна, у Шлепетневых корень осложнён суффиксом -етн-, что скорее указывает на качественную характеристику, чем на ремесло.

Географически фамилия встречается редко и в основном фиксируется в центральных областях России, а также у старообрядцев — есть сведения о Шлепетневых в бывшей Вятской губернии и на Урале. Встречается вариант написания через «ё» — Шлёпетнев, что подтверждает ударение на первый слог и связь с «шлёпать».

С социальной точки зрения, Шлепетневы — почти наверняка крестьянский род. Фамилия образована от прозвища, а не от имени святого или географического названия, что типично для низших сословий, где прозвища закреплялись как семейные клички в XV–XVII веках. Среди известных носителей нет громких исторических фигур, но это не делает фамилию менее ценной для исследователя: она сохранила редкий диалектный корень, который почти исчез из живого языка.