Фамилия Шмалина — женская форма, а её мужской вариант — Шмалин. В основе фамилии лежит прозвище Шмаля, которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — «тот, кто шмаляет», то есть палит, обжигает, стреляет. Второе — «шмаль» как обозначение горелого, опалённого предмета или человека, получившего ожог. В некоторых диалектах «шмаля» — это ещё и пренебрежительное прозвище низкорослого или невзрачного человека.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ин указывает на принадлежность. Шмалина — «дочь или жена Шмали». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются на севере и в центральной России, фамилии на -ин распространены повсеместно, но особенно характерны для южных и западных регионов.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей. Прозвище Шмаля мог получить человек, связанный с огнём: кузнец, гончар, смолокур или просто тот, кто часто палил что-то по неосторожности. Менее вероятная, но возможная версия — связь с украинским или белорусским словом «шмаль» (сало, смалец), тогда прозвище относилось бы к торговцу салом или любителю жирной пищи.

Среди однокоренных фамилий — Шмаль, Шмалько, Шмалев, Шмальков. Фамилия Шмалина встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. По данным современных баз, носители сосредоточены в основном в Центральной России и Поволжье.