Фамилия Штрукина — женская форма, мужской вариант — Штрукин. Это типичная «фамилия-прозвище», образованная по простой и распространённой модели: основа + суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — сын Штруки, то есть потомок человека, носившего прозвище Штрука.

Ключ к происхождению — в основе «штрук». Это слово не исконно русское. Скорее всего, оно восходит к немецкому или идишу. В немецком языке «Strunk» означает «кочерыжка», «ствол», «огрызок», а в переносном смысле — «коротышка», «неуклюжий человек». В идише слово «штрук» могло обозначать «кусок», «обрубок» или же «упрямец». Таким образом, прозвище Штрука, скорее всего, дали человеку с коренастой фигурой, невысокому и плотному, либо же упрямому и несговорчивому.

Вероятнее всего, фамилия имеет еврейские корни и распространена среди ашкеназских евреев, которые в XIX веке при переходе к обязательным фамилиям в Российской империи часто брали прозвища, образованные от немецких или идишских слов. Учитывая суффикс -ин, фамилия могла возникнуть на территориях, где русская административная система смешивалась с местными говорами — например, в черте оседлости (Украина, Беларусь, Молдова). Менее вероятно, но возможно, что фамилия — русифицированная форма немецкой фамилии Штрук (Struck) или Штрунк (Strunk), которую дали приезжему немцу на русской службе.

Редкий корень «штрук» почти не встречается в других славянских фамилиях, что делает Штрукина ярким примером фамилии-маркера: по ней можно с большой долей уверенности предположить, что предки носителя жили на западе Российской империи и говорили на идише. Сословного статуса фамилия не отражает — прозвище мог получить и ремесленник, и мелкий торговец.