Фамилия Шубаркин образована от прозвища Шубара, которое восходит к казахскому «шубара», что в переводе на русский язык означает «рябой». Вероятно, так называли человека с испорченным оспой лицом, либо человека с седыми волосами. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шубара, со временем получил фамилию Шубаркин.